| Título: | Cloudificação de aplicações multi-GPU de bioinformática no AWS ParallelCluster da nuvem Amazon |
| Autor(es): | Soares, Filipe Maia |
| Orientador(es): | Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de |
| Assunto: | Bioinformática
Nuvem (Computação)
Computação em nuvem |
| Data de apresentação: | 4-Nov-2021 |
| Data de publicação: | 10-Nov-2022 |
| Referência: | SOARES, Filipe Maia. Cloudificação de aplicações multi-GPU de bioinformática no AWS ParallelCluster da nuvem Amazon. 2021. 81 f., il. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Engenharia Mecatrônica) — Universidade de Brasília, Brasília, 2021. |
| Resumo: | A comparação de sequências biológicas é uma das principais áreas de estudo no campo da bioinformática, pois auxilia no entendimento das funcionalidades e constituição dos organismos. Os algoritmos exatos utilizados para realizar tais comparações apresentam complexidade quadrática de tempo, de maneira que a comparação de longas sequências exige a utilização de ambientes de alto desempenho, preferencialmente os que paralelizam a aplicação, com o intuito de reduzir ainda mais o tempo de execução. OMASA-CUDAlign é um exemplo de ferramenta que atende a esses requisitos e é o escopo de estudo deste trabalho. Em especial, a versão Static-MultiBP atingiu um impressionante desempenho de82,82TCUPS. Além disso, a computação em nuvem vem ganhando muita visibilidade e utilização nos últimos anos devido à série de vantagens que proporciona ao usuário. Nesse contexto, o objetivo desta monografia consiste em realizar a "cloudificação" do MASA-CUDAlign, ou seja, prover uma solução para executar esta ferramenta no cluster virtual da nuvem da Amazon, o AWS ParallelCluster. |
| Abstract: | Biological sequence alignment is one of the main areas of study in the field of bioinformatics, as it helps to understand the functionalities and constitution of the organisms. The exact methods used to perform such comparisons have quadratic time complexity, so that the comparison of long sequences requires high-performance environments, specially those that parallelize the application, in order to further reduce execution time. MASA-CUDAlign is a tool that meets these requirements and is the scope of study of this work. In particular, the Static-MultiBP version achieved an impressive performance of82.82TCUPS. In addition, cloud computing has gained alot of visibility and use in recent years due to the series of advantages it provides to the user. The objective of this monograph is to cloudify the MASA-CUDAlign tool, i.e., to provide a solution torun this tool in theAWS ParallelCluster, which is the virtual cluster of the Amazon cloud. |
| Informações adicionais: | Trabalho de conclusão de curso (graduação) — Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Curso de Graduação em Engenharia de Controle e Automação, 2021. |
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| Aparece na Coleção: | Engenharia Mecatrônica
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