Uso de ancoragem molecular para o entendimento de interações ligante/receptor: investigando o complexo COI1-FB.

Abstract

Por vezes, o desenvolvimento humano esteve associado à capacidade de se adaptar e evoluir, sendo o conhecimento, fator chave para esse progresso. Durante boa parte da história registrada, o conhecimento advinha da vivência que se transformava em experiência e era passada por gerações. Como a medicina tradicional. Utilizada na medicina tradicional para o tratamento de febre, o chá da casca da planta Hymenodictyon floribundum é utilizado ainda hoje e o conhecimento acerca de sua utilização foi passado por gerações. Entre os compostos presentes nesta planta está o floribundano B, molécula composta por uma lactona de seis membros e duas cadeias laterais, uma alquenílica e outra alquílica contendo uma hidroxila. O floribundano B possui similaridade estrutural com o ácido jasmônico, molécula responsável por ativar a degradação proteica pelo sistema ubiquitina-proteassomo. Esse sistema é responsável por marcar cerca de 80% das proteínas presentes no meio intracelular vegetal para degradação. Essa marcação ocorre pelo transporte da ubiquitina e é mediada pelas enzimas E1, E2 e E3até chegar na proteína-alvo. Uma vez marcada, essa proteína será degradada pelo proteassomo 26, que degradará a proteína em peptídeos e resíduos de aminoácidos que serão reutilizados em novos processos de síntese proteica. Devido à similaridade estrutural, esse estudo buscou avaliar o potencial que floribundano B tem de agir como hormônio para ativação do processo de marcação proteica. Para tal, foi utilizado o docking molecular, ferramenta computacional que permite mapear interações entre proteínas e ligantes, tanto do ponto de vista energético como conformacional. Para que fosse possível mensurar os resultados entre o floribundano B e a enzima COI1, foi utilizado como parâmetro o próprio docking entre o ácido jasmônico e a enzima COI1, a partir de uma estrutura cristalográfica. Esse estudo permitiu, não só avaliar a ação do floribundano B como ligante no domínio de ligação do ácido jasmônico em COI1, mas também averiguar outros possíveis sítios de interação que esta enzima possui.