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Título: Presença do domínio Archaea em biofilmes associados à cárie dentária
Outros títulos: Presence of Archaea in dental caries biofilms
Autor(es): Cena, Jéssica Alves de
Orientador(es): Teixeira, Nailê Damé
Coorientador(es): Dias, Aline Belmok de Araújo
Assunto: Cáries dentárias
Biofilme
Seqüenciamento de nucleotídeo
Data de apresentação: 2020
Data de publicação: 28-Abr-2021
Referência: CENA, Jéssica Alves de. Presença do domínio Archaea em biofilmes associados à cárie dentária. 2020. 56 f., il. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Odontologia)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020.
Resumo: (1) Objetivo: Avaliar a presença do domínio Archaea em biofilmes associados à cárie a partir do sequenciamento do gene 16S rRNA de Archaea. (2) Materiais e métodos: Para detectar a presença de Archaea na cárie dentária, foram coletadas três amostras de dentina cariada e duas amostra controle de biofilmes supragengivais, o DNA microbiano total foi extraído e a composição da microbiota investigada de duas formas. Primeiro fez-se a amplificação do gene 16S rRNA utilizando iniciadores procarióticos universais; os amplicons foram sequenciados por sequenciamento de DNA de alto rendimento. Como segunda estratégia para detectar sequências de Archaea, uma amostra representativa de cárie foi escolhida e outras reações de PCR foram realizadas usando iniciadores específicos visando o gene 16S rRNA de archaeas; amplicons foram clonados e sequenciados. A anotação das sequências foi realizada usando o banco de dados SILVA e a abundância relativa de unidades taxonómicas operacionais (OTUs) em nível de gênero foi calculada. (3) Resultados: O método de sequenciamento de alto rendimento detectou sequências de archaeas em todas as amostras (identificadas como grupo I.1c do filo Thaumarchaeota), embora em abundância muito baixa (≤ 0,03% do total de sequências). Com a segunda estratégia, foram detectados nove sequências de archaea, com uma OTU afiliada ao clado Methanocella e outra afiliada ao grupo I.1b do filo Thaumarchaeota. (4) Conclusões: Sequências de archaeas foram detectadas em cárie dentária e biofilmes de superfícies sem lesões de cárie. Sequências de DNA de Thaumarchaeota também foram identificadas, mostrando que a diversidade global de archaeas na cavidade oral humana pode estar atualmente subestimada e não restrita a metanogênicos.
Abstract: (1) Objective: To evaluate the presence of the Archaea domain in biofilms associated with caries based on the sequencing of the 16S rRNA gene from Archaea. (2) Design: To detect the presence of Archaea in dental caries, a triplicate of carious dentine samples and duplicate of supragingival biofilms were collected, total microbial DNA was extracted and the composition of the microbiota was investigated. Total DNA was submitted to 16S rRNA gene amplification using universal prokaryotic primers; amplicons were sequenced by high-throughput DNA sequencing. As a second strategy to detect Archaea, a representative sample of caries was chosen and other PCR reactions were performed using specific primers targeting the archaeal 16S rRNA gene; amplicons were cloned and sequenced. Annotation of sequences was performed using SILVA database and the relative abundance of genus level OTUs was calculated. (3) Results: The highthroughput sequencing method detected archaeal sequences in all samples (identified as group I.1c of the phylum Thaumarchaeota), although in a very low abundance (≤ 0.03% of the total sequences). For the second strategy, nine archaeal sequences were detected, with an OTU affiliated to Methanocella clade, and another one affiliated to group I.1b of the phylum Thaumarchaeota. (4) Conclusions: Archaeal sequences were detected in dental caries and biofilms from surfaces without caries lesions. DNA sequences of Thaumarchaeota were also identified, showing that overall archaeal diversity in the human oral cavity could be currently underestimated and not restricted to methanogens.
Informações adicionais: Trabalho de Conclusão de Curso (graduação)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Departamento de Odontologia, 2020.
DOI: http://dx.doi.org/10.26512/2020.TCC.27353
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