Presença do domínio Archaea em biofilmes associados à cárie dentária

Abstract

(1) Objetivo: Avaliar a presença do domínio Archaea em biofilmes associados à cárie a partir do sequenciamento do gene 16S rRNA de Archaea. (2) Materiais e métodos: Para detectar a presença de Archaea na cárie dentária, foram coletadas três amostras de dentina cariada e duas amostra controle de biofilmes supragengivais, o DNA microbiano total foi extraído e a composição da microbiota investigada de duas formas. Primeiro fez-se a amplificação do gene 16S rRNA utilizando iniciadores procarióticos universais; os amplicons foram sequenciados por sequenciamento de DNA de alto rendimento. Como segunda estratégia para detectar sequências de Archaea, uma amostra representativa de cárie foi escolhida e outras reações de PCR foram realizadas usando iniciadores específicos visando o gene 16S rRNA de archaeas; amplicons foram clonados e sequenciados. A anotação das sequências foi realizada usando o banco de dados SILVA e a abundância relativa de unidades taxonómicas operacionais (OTUs) em nível de gênero foi calculada. (3) Resultados: O método de sequenciamento de alto rendimento detectou sequências de archaeas em todas as amostras (identificadas como grupo I.1c do filo Thaumarchaeota), embora em abundância muito baixa (≤ 0,03% do total de sequências). Com a segunda estratégia, foram detectados nove sequências de archaea, com uma OTU afiliada ao clado Methanocella e outra afiliada ao grupo I.1b do filo Thaumarchaeota. (4) Conclusões: Sequências de archaeas foram detectadas em cárie dentária e biofilmes de superfícies sem lesões de cárie. Sequências de DNA de Thaumarchaeota também foram identificadas, mostrando que a diversidade global de archaeas na cavidade oral humana pode estar atualmente subestimada e não restrita a metanogênicos.