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Título: Estratégias paralelas para alinhamento de sequências biológicas em espaço linear com algoritmo Myers-Miller em CPU
Autor(es): Gomes, Eduardo Monteiro de Castro
Orientador(es): Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de
Assunto: Bioinformática
Biologia computacional
Programação paralela (Computação)
Data de apresentação: 11-Dez-2017
Data de publicação: 5-Abr-2018
Referência: GOMES, Eduardo Monteiro de Castro. Estratégias paralelas para alinhamento de sequências biológicas em espaço linear com algoritmo Myers-Miller em CPU. 2017. v, 27 f., il. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Ciência da Computação)—Universidade de Brasília, Brasília, 2017.
Resumo: Esse trabalho apresenta os resultados de experimentos conduzidos para comparar o efeito de diferentes implementações do algoritmo de Myers e Miller. As comparações são feitas em relação ao tempo para obtenção de alinhamentos ótimos entre pares de sequências. As diferenças nas implementações propostas são referentes a uma implementação sequencial e duas implementações paralelas do algoritmo, usando múltiplos processos ou múltiplas threads. Os resultados obtidos apontam melhorias estatísticamente significativas na performance pelo uso das técnicas de programação paralela.
Abstract: This work presents the results of experiments conducted to compare the effect of different implementations of the Myers and Miller algorithm. The comparisons are made based on the time taken to optimally align pairs of sequences. The differences in the proposed implementations refer to one sequential and two parallel implementations using multiple processes or multiple threads models. The results point to statistically significant improvement of performance due to the use ofparallel programming.
Informações adicionais: Trabalho de Conclusão de Curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017.
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