| Título: | Uma extensão do sistema de anotação de RNAs não-codificadores ncRNA-Agents para plantas : um estudo de caso para o Zea mays |
| Autor(es): | Nunes, Raquel Ingrid da Silva |
| Orientador(es): | Walter, Maria Emilia Machado Telles |
| Assunto: | RNAs não-codificadores
Sistema multiagente
Plantas - desenvolvimento |
| Data de apresentação: | 16-Dez-2016 |
| Data de publicação: | 19-Jul-2017 |
| Referência: | NUNES, Raquel Ingrid da Silva. Uma extensão do sistema de anotação de RNAs não-codificadores ncRNA-Agents para plantas: um estudo de caso para o Zea mays. 2016. ix, 481 f., il. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Engenharia de Computação)—Universidade de Brasília, Brasília, 2016. |
| Resumo: | RNAs não-codificadores (non-coding RNAs-ncRNAs) participam de uma gama notável de reações biológicas e processos celulares, e diversos métodos e algoritmos vem sendo desenvolvidos para identificá-los e classificá-los. Em particular, o ncRNA-Agents é um sistema de anotação de ncRNAs baseado no conceito de Sistemas Multiagentes (SMAs), criado inicialmente para anotação de fungos. Neste trabalho, foi criada uma nova instância do ncRNA-Agents para anotação de ncRNAs em plantas. Foi realizado um estudo de caso para a espécie Zea mays (milho), com o objetivo de predizer ncRNAs pequenos em transcritos de oito bibliotecas, sendo quatro inoculadas com as bactérias Azospirillum e Herbaspirillum e quatro foram de controle. Foi inicialmente proposto um pipeline com as seguintes etapas: (i) os transcritos de todas as bibliotecas foram mapeadas no genoma do Z. mays, tendo sido obtidas as sequências consenso. (ii) Dessas foram removidas as sequências de proteínas e aquelas com mais de 200 bp. As sequências com menos de 200 bp foram submetidas ao ncRNA-Agents, para anotação de ncRNAs pequenos. Aproximadamente 18.300 sequências foram submetidas como entrada, tendo sido encontrados diferentes tipos de ncRNAs, em sua maioria RNAs transportadores (tRNAs) e micro RNAs (miRNAs), sendo encontrados também RNAs ribossomais (rRNA), Small nucleolar RNAs U3 (snoRNA U3), Plant signal recognition particle RNA (Plant SRP) e U2 spliceosomal RNA (snRNA U2). |
| Abstract: | Non-coding RNAs (ncRNAs) participate in a remarkable range of biological reactions and cellular processes, and a number of methods and algorithms have been developed to identify and classify them. In particular, ncRNA-Agents is a ncRNAs annotation system based on the concept of Multiagent Systems (SMAs), initially created for fungal annotation. In this work, we created a new instance of ncRNA-Agents for annotation of ncRNAs in plants. A case study for Z. mays (maize) was carried out to predict small ncRNAs in transcripts from eight libraries, four of which were inoculated with theAzospirillum and Herbaspirillum bacteria, and four were of control. A pipeline was initially proposed with the following steps: (i) the transcripts of all the libraries were mapped into the Z. mays genome, and the consensus sequences were obtained. (ii) Of these, protein sequences and those with more than 200 bp were removed. Sequences with less than 200 bp were submitted to the ncRNA-Agents, for annotation of small ncRNAs. Approximately 18,300 sequences were submitted as input, and different types of ncRNAs were found, mostly transporter RNAs (tRNAs) and microRNAs (miRNAs), besides ribosomal RNAs (rRNA), Small Nucleolar RNAs U3 (snoRNA U3), Plant Signal Recognition Particle RNA (Plant SRP) and U2 spliceosomal RNA (U2 snRNA). |
| Informações adicionais: | Trabalho de conclusão de curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2016. |
| Aparece na Coleção: | Engenharia da Computação
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