Uma extensão do sistema de anotação de RNAs não-codificadores ncRNA-Agents para plantas : um estudo de caso para o Zea mays

Abstract

RNAs não-codificadores (non-coding RNAs-ncRNAs) participam de uma gama notável de reações biológicas e processos celulares, e diversos métodos e algoritmos vem sendo desenvolvidos para identificá-los e classificá-los. Em particular, o ncRNA-Agents é um sistema de anotação de ncRNAs baseado no conceito de Sistemas Multiagentes (SMAs), criado inicialmente para anotação de fungos. Neste trabalho, foi criada uma nova instância do ncRNA-Agents para anotação de ncRNAs em plantas. Foi realizado um estudo de caso para a espécie Zea mays (milho), com o objetivo de predizer ncRNAs pequenos em transcritos de oito bibliotecas, sendo quatro inoculadas com as bactérias Azospirillum e Herbaspirillum e quatro foram de controle. Foi inicialmente proposto um pipeline com as seguintes etapas: (i) os transcritos de todas as bibliotecas foram mapeadas no genoma do Z. mays, tendo sido obtidas as sequências consenso. (ii) Dessas foram removidas as sequências de proteínas e aquelas com mais de 200 bp. As sequências com menos de 200 bp foram submetidas ao ncRNA-Agents, para anotação de ncRNAs pequenos. Aproximadamente 18.300 sequências foram submetidas como entrada, tendo sido encontrados diferentes tipos de ncRNAs, em sua maioria RNAs transportadores (tRNAs) e micro RNAs (miRNAs), sendo encontrados também RNAs ribossomais (rRNA), Small nucleolar RNAs U3 (snoRNA U3), Plant signal recognition particle RNA (Plant SRP) e U2 spliceosomal RNA (snRNA U2).