Compressão de sequências de DNA usando codificação de vídeo

Abstract

Na área da bioinformática, uma importante tarefa é o sequenciamento de DNA, porém isso gera grandes quantidades de dados que precisam ser comprimidos. Na área do processamento de imagens, comprimir um vídeo é essencial, inclusive com taxas de compressão impressionantes. Dessa similaridade surgiu a hipótese da possibilidade de compressão de sequências de DNA com métodos de compressão de vídeo. Nesse trabalho foi elaborado uma abordagem prática para validar a hipótese. Transformando a sequência de DNA em um vídeo e usando um codificador H.264 e depois o caminho inverso de decodificar o H.264 e transformar o vídeo em sequência de DNA novamente. Analisando principalmente a perfeição da reconstrução da sequência e quanto foi a taxa de compressão comparado com um compressor padrão. Embora a taxa de compressão não tenha superado o compressor padrão, abriu a possibilidade de comprimir usando técnicas de processamento de imagem. _______________________________________________________________________ ABSTRACT

In bioinformatics, an important job is DNA sequenciang, but it come with a large amount of data that needs to be compressed. In image prossecing, it is very important to compress video data, moreover it compress with a impressive compression tax. Such similarities give rise a hypothesis of DNA sequence’s compression using video compression methods. In this work a practical approach was developed to validate this hypothesis. Transforming DNA sequence in video, run H.264 compression then the inverse process, decode H.264’s result and transform video in DNA sequence again. Analysing principally perfect reconstruction of sequence and the compression tax compared to a standard compressor. Although compression tax was not better than standard compression, opened up the possibility of compressing using processing image techniques.