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Título: Classificação de imagens de ressonância funcional para auxílio ao diagnóstico de transtornos mentais com uso de redes convolucionais
Autor(es): Müller, Alan
Vieira, Matheus Moreira da Silva
Orientador(es): Miosso, Cristiano Jacques
Assunto: Transtorno mental
Ressonância magnética
Redes neurais convolucionais (Computação)
Imageamento médico
Data de apresentação: 16-Fev-2023
Data de publicação: 21-Set-2023
Referência: MÜLLER, Alan; VIEIRA, Matheus Moreira da Silva. Classificação de imagens de ressonância funcional para auxílio ao diagnóstico de transtornos mentais com uso de redes convolucionais. 2023. 102 f., il. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Engenharia Eletrônica) — Universidade de Brasília, Brasília, 2023.
Resumo: Introdução: A psicopatologia busca formas de definir critérios para os desvios da normalidade. A neuropsicologia contribuiu na investigação, eventualmente se utilizando do imageamento na busca por marcadores biológicos que possam colaborar no processo diagnóstico. Já há registros de associações de diferenciação anatômica em alguns cenários de transtornos mentais e problemas neurológicos. O imageamento funcional busca avançar nas descobertas, avaliando as respostas dos indivíduos com e sem diagnóstico clínico, a fim de caracterizar possíveis distinções. Este trabalho busca avaliar a classificação automática de imagens de ressonância magnética funcional, através do uso de redes convolucionais, quanto ao diagnóstico em esquizofrenia. Fundamentação teórica: Os transtornos esquizofrênicos fazem parte de um grupo de distúrbios mentais que não possui sintomas específicos. Desde a década de 1970, o imageamento anatômico do encéfalo tem colaborado com o diagnóstico ou sua exclusão para diversas doenças, dentre estas a esquizofrenia. O uso de aprendizagem de máquina tem semostrado útil na classificação de imagens de ressonância magnética. Por sua versatilidade, escalabilidade e poder de classificação, as redes neurais são a atual base do aprendizado profundo, com destaque para as convolucionais (CNN). A análise de padrão em multivoxel utiliza aprendizagem através de dados inseridos para treinamento e validação, sendo uma das abordagens para a avaliação de imagens de ressonância magnética funcional. Materiais e Métodos: Bases de dados disponíveis em Schizconnect.com e Open Neuro.com foram utilizadas como material de avaliação. As imagens de ressonância magnética funcional foram categorizadas pelas rotinas realizadas no exame (tasks). Rotinas de pré processamento segmentam estas imagens, estabelecendo uma sequência temporal associada a uma região do encéfalo (slice) e aos perfis de maior ativação neural. Redes convolucionais são treinadas a fim de encontrar os melhores parâmetros e definirem um modelo de predição. As predições são executas, com os melhores modelos treinados, e avaliadas suas métricas de desempenho. São comparados os resultados, relacionando o desempenho às tasks e as segmentações espaciais. Resultados e discussões: Foram encontradas métricas de desempenho de até 85% deacurácia para determinadas tasks e slices, com predição baseada em imagens não utilizadas nos treinamentos. Muitos dos modelos de bom desempenho não apresentam métricas de treinamento e validação como curvas de tendências claras de crescimento de acurácia e redução de ”perdas”, usualmente associadas ao aprendizado crescente. No modelo base, das 88 rotinas, 8 demostraram taxa de F1 score acima de 75% e, pelo menos, o mesmo valor de acurácia. O melhor desempenho após o processo de data augmentation foi semelhante ao modelo base não apresentando melhoria significativa nos demais modelos. Rotinas de tuning eventualmente encontraram modelos menores – em complexidade – com predição semelhante aos iniciais ou modelos maiores com métricas superiores. A validação cruzada (cross validation, CV) teve desempenho aquém dos treinamentos com conjuntos estáticos, mas ainda superior a 70% de acurácia em alguns dos cenários avaliados. Considerações: Algumas regiões do encéfalo e rotinas se destacam nos resultados considerados positivos. As segmentações realizadas aparentam ser adequadas para reduzir a necessidade de utilizar enormes volumes de dados gerados nos exames para a rotina de classificação. Convém avançar as pesquisas, pela inclusão de explicações sobre os dados utilizados pelos modelos (explainable artificial intelligence, X-AI), para apresentar maiores evidências sobre a qualidade das métricas na abordagem sugerida. São passíveis de serem avaliadas abordagens correlatas, com segmentação de sinais distintos de ativação. O baixo quantitativo de exemplos disponíveis nos bancos de imagens para exames de ressonância magnética funcional associados a transtornos mentais é um ponto limitante na pesquisa.
Abstract: Introduction: Psychopathology aims to develop criteria for deviations from norma lity. Neuropsychology contributes to the research, eventually through imaging techniques to describe biomarkers to support the diagnosis. Some mental issues and neurological illnesses have anatomical differentiation already described. Functional imaging is expec ted to reach new findings, by evaluating neural responses for individuals with diagnostic established or excluded, in order to define differences between those. This study uses Con volutional Neural Networks (CNNs) to evaluate Functional Magnetic Resonance Imaging (fMRI) related to schizophrenia and healthy controls. Theoretical background: Schizophrenic disorders are mental illnesses with no spe cific symptoms to support the diagnosis. Since the 1970s, anatomical imaging of the human brain has contributed to establishing or excluding diagnosis in several diseases, schizophrenia included. Machine Learning has been useful to classify MRI, because of how versatile, scalable, and powerful it is. Neural Networks are the actual basis of deep learning, convolutional in the spotlight. Multi-voxel Pattern Analysis is an approach that uses machine learning, through training and validation of input data to evaluate fMRI. Materials and Methods: Data in use is collected from databases available on Schizconnect.com and OpenNeuro.com. Images (fMRI) are classified according to the tasks performed during exams. Preprocessing performs segmentation to define a time series and thresholding emphasizes higher blood oxygen level-dependent (BOLD) signals. Training CNN tries to fit the models with the best parameters to perform predictions. These predictions are done with the best models saved, in order to evaluate their metrics. Results are associated with the images’ tasks and slices (spatial segmentation). Results and discussion : Up to 85% of accuracy was reported, for some tasks and slices – predictions performed with images different from the ones used in the training and validation process. Curves of training and validation in the best metrics models have no clear tendencies – growing in accuracy and decreasing in losses – usually related to growinglearning. The basis model reached more than 75% in F1 score and, at least, equivalent accuracy for 8 of 88 runs. Data augmentation is not crucial to model performance, compared to the basic model. Tuning reported improvements in some runs, with less complex models with similar metrics or higher complexity with better metrics. Cross validation did not establish the same metrics as basic models, but higher than 70% accuracy was still found. Conclusions: Some regions of the brain and some tasks stand out in positive results. Slicing and signal highlighting (thresholding) reduce the amount of data, from the huge volume generated by image reconstruction on fMRI, used to perform classification. Ex plainable Artificial Intelligence must be implemented, for better evidencing the quality of the results found on the models, to validate the suggested approach. Correlated ap proaches, like different levels of thresholding, are encouraged. Low quantities of images associated with mental illnesses available on public datasets restrict some aspects of the research.
Informações adicionais: Trabalho de conclusão de curso (graduação) — Universidade de Brasília, Faculdade UnB Gama, 2023.
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