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Título: Imageamento por ressonância magnêtica com base em Compressive Sensing com pré-filtragem e redes generativas adversárias
Autor(es): Bezerra, Davi Alves
Orientador(es): Miosso, Cristiano Jacques
Coorientador(es): Ziegler, Gabriel Gomes
Assunto: Ressonância magnética
Aprendizagem de máquina
Imageamento médico
Data de apresentação: 20-Fev-2023
Data de publicação: 19-Set-2023
Referência: BEZERRA, Davi Alves. Imageamento por ressonância magnêtica com base em Compressive Sensing com pré-filtragem e redes generativas adversárias. 2023. 59 f., il. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Engenharia de Software) — Universidade de Brasília, Brasília, 2023.
Resumo: A imagem por Ressonância Magnética (do inglês, Magnetic Resonance) (MR) é uma o´tima escolha para detecção de doenças pulmonares e tumores com capacidade de diferen- ciar as características dos tecidos biológicos. Quando comparada com outras modalidades de imagem, tem vantagens pela ausência de radiação e bom contraste de tecidos moles. No entanto, uma desvantagem é o tempo que leva para escanear e reconstruir a imagem, limi- tando seu uso em algumas aplicações clínicas onde o tempo de imagem é crítico. O uso de Compressed Sensing (CS) na reconstrução acelera a aquisição, porém sofre de um processo iterativo longo e artefatos típicos que dificultam a interpretação da imagem. Quanto menor a taxa de sub amostragem nas imagens usadas para reconstrução, maior é a quantidade de artefato. Com os avanços no uso de Aprendizagem Profunda (do inglês, Deep Learning) (DL) em processamento de imagens médicas tivemos várias propostas de modelo generativo para encontrar e aprender automaticamente os padrões de uma imagem de MR. Um modelo generativo é usado para gerar novos exemplos extraídos do conjunto de dados original, a partir de um ruído. Atualmente, as arquiteturas Rede Adversaria Generativa (do inglês, Generative Adversarial Network) (GAN) têm apresentado excelente desempenho na modelagem de distribuições, podendo ser usada para aplicação da técnica de informação a priori determinística em CS. A GAN também pode gerar dados sem modelar explicitamente sua funçao de densidade de probabilidade e gerar dados semelhantes aos da imagem alvo levando menos tempo do que o CS. Neste trabalho apresentamos uma configuração de GAN que ao invés de receber como entrada apenas um ruído z, ela recebe uma imagem amostrada no espaço k com um nu´mero de trajetórias radiais. A versão condicional do modelo generativo tradicional aprende a representação de x condicionada a um rótulo y. Após o Rede Adversaria Generativa Con- dicional (do inglê, Conditional Generative Adversarial Network) (CGAN) métodos como Image-to-Image foram introduzidos com objetivo de transformar imagens para terem o estilo (ou características) de outra imagem. Isto é, podemos a partir de imagens sub amostradas no domínio da frequência, usando um nu´mero de amostras treinar o modelo generativo para aprender a aproximar a distribuição da imagem rotulada, a partir da imagem reconstruída. Os resultados dos nossos experimentos mostram que houve um ganho nas métricas objetivas quando comparamos imagens geradas pela CGAN e as imagens reconstruídas por CS quando a taxa de amostragem é menor do que 10%. Além disso, nossos testes com diferentes nu´meros de trajetórias mostram as limitações encontradas em modelos generati-vos na tarefa de reconstrução. Durante a execução da pesquisa, levantamos também outras hipóteses de melhorias para o processo de geração das imagens e um melhor uso para as imagens geradas. Para o processo de melhoria na geração das imagens há a possibilidade de aumentar o número de imagens com técnicas de rotação e deslocamento do conjunto de treinamento para o gerador poder aprender as representações de cada imagem em várias posições diferentes, aprendendo assim a variação que cada imagem de MR pode ter. Já um possível uso para as imagens geradas seria o uso do modelo proposto com objetivo de gerar pontos de suporte na técnica de informação a priori em reconstruções com CS.
Abstract: Magnetic resonance imaging (MRI) is an excellent choice for detecting various dise ases in clinical analysis. When compared to other imaging modalities, it has advantagesdue to the absence of radiation and good contrast of soft tissues. However, a disadvantageis the time it takes to scan and reconstruct the image, limiting its use in some clinicalapplications where image time is critical. The use of compressed sensing (CS) in re construction accelerates acquisition, but suffers from a long iterative process and typicalartifacts that make image interpretation difficult. The lower the subsampling rate in theimages used for reconstruction, the more artifacts there are.With advances in the use of deep learning (DL) in medical image processing, severalproposals for generative models have been made to automatically find and learn thepatterns of an MRI image. A generative model is used to generate new examples extractedfrom the original data set, from noise. Currently, generative adversarial networks (GANs)have shown excellent performance in modeling prior distributions of images. GANs canalso generate data without explicitly modeling their probability density function andgenerate data similar to the target image in less time than CS.In this work, we present a configuration of GAN that, instead of taking noise asinput, takes a subsampled image in k-space with a number of radial trajectories. Namedconditional GAN (CGAN), it uses various techniques to obtain another image from aninput image, known as image-to-image. That is, from subsampled images, we trainedthe generative model to learn to approximate the output image distribution to a targetimage, i.e., an image that we consider to be the true or target image.The results of our experiments show a gain in objective metrics when comparingimages generated by CGAN and images reconstructed by CS when the subsampling rateis less than 10%. In addition, our tests with different numbers of trajectories showthe limitations encountered in generative models in the reconstruction task. Duringthe research, we also raised other hypotheses for improvements to the image generationprocess and better use of the generated images. To improve the image generation process,there is the possibility of increasing the number of images with rotation and displacementtechniques of the training set so that the generator can learn the representations of eachimage in several different positions, thus learning the variation that each MRI image canhave. The better use of the generated images would be to use the CGAN to generatesupport points as prior information for reconstructions with CS.
Informações adicionais: Trabalho de Conclusão de Curso (graduação) — Universidade de Brasília, Faculdade UnB Gama, Engenharia de Software, 2023.
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