Execução automatizada e flexível de lotes de comparações paralelas de sequências biológicas

Abstract

Este trabalho de graduação propõe uma ferramenta para obtenção de valores de parâmetros otimizados para a execução de alinhamentos de sequências biológicas, além da execução de lotes de alinhamentos, ambos de forma automatizada, utilizando a ferramenta MASA-CUDAlign. O objetivo da ferramenta proposta é auxiliar usuários do MASA-CUDAlign fornecendo valores adequados para os parâmetros de execução, obtidos por meio de profiling, de forma a otimizar o tempo de processamento que, no caso de sequências grandes, pode chegar à horas de execução por alinhamento. Além disso, a ferramenta também tem o objetivo de auxiliar os usuários fornecendo uma forma automatizada de executar lotes de múltiplos alinhamentos, sem a necessidade de interagir com a ferramenta entre cada alinhamento, e receber os resultados de forma organizada ao final da execução. Para testar a ferramenta proposta foi utilizada uma máquina com uma GPU NVIDIA GeForce RTX 2060, para executar alinhamentos com sequências reais de DNA de tamanho 1M, 3M, 4M, 6M e 8M, utilizando os valores de parâmetros já obtidos com a ferramentas proposta por meio de um profiling. Os resultados encontrados mostram que os valores de parâmetros obtidos pela ferramenta são adequados, alcançando o melhor desempenho para a maioria das comparações testadas, e um desempenho bem melhor do que os piores valores de parâmetros testados. Além disso, a execução em lote funcionou de forma satisfatória, realizando a interface com o MASA-CUDAlign, executando os múltiplos alinhamentos e entregando os resultados de forma organizada.