Comparação paralela de sequências biológicas : otimização da área de descarte de blocos com escore heurístico

Abstract

Este trabalho de graduação apresenta o módulo de obtenção de escore inicial heurístico adicionado à ferramenta de comparação de sequências biológicas MASA-CUDAlignMultiBP. A partir deste módulo, busca-se expandir a área de descarte de blocos da matriz de programação dinâmica ao inicializar a execução da ferramenta com o escore heurístico, obtido com o alinhador de sequências heurístico Lastz, ao contrário da inicialização original da ferramenta, cujo escore inicial é 0. O módulo foi implementado e integrado à ferramenta e, para testá-lo e coletar resultados, foi configurado um cluster de duas GPUs NVIDIA T4 Tensor Core hospedado na nuvem AWS (Amazon Web Services). Nos testes, foram feitas comparações entre sequências reais de DNA de tamanho 1M, 3M, 5M e 10M. Os resultados encontrados mostram que, para as sequências utilizadas, há uma melhora de desempenho mais significativa em comparações de sequências compridas com alta similaridade e para as quais foi obtido um escore heurístico inicial grande. Ademais, aliado ao escore inicial, também é atestada a melhora de desempenho que a mudança da distribuição de colunas da matriz entre GPUs (split) gera para ferramenta MASA-CUDAlign-MultiBP.