| Título: | MASA-Webaligner : uma plataforma web para execução e visualização de alinhamentos de sequências de DNA |
| Autor(es): | Nascimento, Bernardo Costa |
| Orientador(es): | Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de |
| Assunto: | Bioinformática
Biologia computacional
Plataformas digitais |
| Data de apresentação: | 1-Set-2020 |
| Data de publicação: | 25-Mai-2021 |
| Referência: | NASCIMENTO, Bernardo Costa. MASA-Webaligner: uma plataforma web para execução e visualização de alinhamentos de sequências de DNA. 2020. 95 f., il. Trabalho de conclusão de curso (Bacharelado em Ciência da Computação)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020 |
| Resumo: | Na Bioinformática, o alinhamento de sequências biológicas é uma operação muito impor- tante, capaz de verificar a similaridade entre as sequências analisadas e gerar informações para determinar suas funções, estruturas e evolução. Existem várias ferramentas que po- dem ser utilizadas para realizar alinhamentos de sequências genéticas. Entre elas está a plataforma MASA, capaz de gerar alinhamentos globais, locais e semi-globais, em tempo razoável e complexidade linear de memória, além de fornecer um sistema para visualiza- ção dos resultados em forma gráfica e textual. Apesar do grande potencial da plataforma MASA, sua instalação e utilização são complexas para usuários leigos e, portanto, apre- sentam uma barreira para sua utilização. No presente trabalho de graduação foi proje- tado, implementado e avaliado o MASA-Webaligner, uma plataforma web, que unifica os softwares de alinhamento e visualização da plataforma MASA, abstraindo detalhes de in- stalação e utilização do sistema. A plataforma conta com sistemas de armazenamento das requisições, fila que permite que cada requisição de alinhamento possa utilizar todos os recursos computacionais disponíveis, possibilidade de aviso por e-mail após a conclusão do processamento de um alinhamento e visualização textual e gráfica dos resultados obtidos. |
| Abstract: | In Bioinformatics, biological sequence alignment is a very important operation, capable of checking similarities between the analyzed sequences and generating information to determine their functions, structures and evolution. There are several tools that can be used to perform genetic sequence alignments. Among them is the MASA plataform, capable of generating global, local and semi-global alignments, in reasonable time and linear memory complexity, while providing a graphical and textual visualization system for the results. Despite the great potential of the MASA plataform, its installation and use are complex to lay users and, therefore, present as a barrier for its use. In the present undergraduate work the MASA-Webaligner, a web plataform that unifies the alignment and visualization tools of the MASA plataform, abstracting the installation and utilization of the system, was designed, implemented and evaluated. The plataform has a storage system for the requests, a queue that allows that each request can use all the computational resources available, the possibility of e-mail warning after an alignment processing ending and graphic and textual visualization of the obtained results. |
| Informações adicionais: | Trabalho de conclusão de curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2020. |
| Licença: | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor que autoriza a Biblioteca Digital da Produção Intelectual Discente da Universidade de Brasília (BDM) a disponibilizar o trabalho de conclusão de curso por meio do sítio bdm.unb.br, com as seguintes condições: disponível sob Licença Creative Commons 4.0 International, que permite copiar, distribuir e transmitir o trabalho, desde que seja citado o autor e licenciante. Não permite o uso para fins comerciais nem a adaptação desta. |
| Aparece na Coleção: | Ciência da Computação
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