Método para predição de potenciais alvos de microRNA em flavivírus emergentes

Abstract

As infecções por flavivírus são um grave problema de saúde pública no Brasil, particularmente nos últimos anos devido ao grande número e gravidade de casos de infecções por vírus Zika, Dengue e Chikungunya e, mais recentemente, surtos de infecções por vírus da Febre Amarela. Portanto, entender os efeitos das variações genéticas tanto em nível funcional, quanto em aspectos estruturais e o desenvolvimento de novas ferramentas para auxiliar no seu combate é necessário para apoiar a vigilância e controle desses vírus. Neste contexto, desenvolvemos um método para predição de potenciais microRNA em genomas de Flavivirus. A sua implementação foi feita por um workflow que inclui a integração de scripts Perl e Bash, ferramentas do pacote ViennaRNA e o software miRanda para identificação potenciais alvos de microRNA que interagem com regiões não codificadoras de genomas Flavivírus. Como estudo de caso, usamos genomas dos 4 sorotipos do vírus da Dengue (DENV) sendo possível observar que existem potenciais alvos de miRNA exclusivos de certos sorotipos e diferenças estruturais entre os sorotipos, o que pode ser útil para o desenvolvimento de métodos de diagnóstico. Melhorias futuras do workflow incluem a sua utilização em genomas de outros flavivírus, tais como os vírus da Zika (ZIKV) e febre amarela (YFV), e predição de potenciais alvos para siRNA e gRNA nesses vírus.