Comparação de sequências biológicas utilizando computação heterogênea com OpenCL

Abstract

O alinhamento de sequências possui uma diversidade de aplicações na bioinformática, sendo uma das mais importantes operações nessa área. Dentre os métodos de alinhamento temos os algoritmo de Smith-Waterman, que é um método baseado em programação dinâmica e que provê o melhor alinhamento entre duas sequências. Apesar de ser um método exato, ele é demorado devido a sua complexidade quadrática. Para tentar reduzir esse tempo de execução desse método várias propostas foram feitas, dentre elas temos o uso de computação heterogênea. Computação heterogênea é o termo utilizado quando o ambiente computacional é composto de diferentes tipos de elementos de processamento. O objetivo do presente Trabalho de Graduação é propor uma implementação do algoritmo de Smith-Waterman em OpenCL e testar sua utilização em CPU e GPU de forma a veri car a simplicidade de programação para múltiplos elementos de processamento e analisar possíveis ganhos em tempo de execução.