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Título: Aplicação de métodos multivariados em dados multi-omics
Autor(es): Motta, Ana Carolina Souto Valente
Orientador(es): Andrade, Joanlise Marco de Leon
Assunto: Análise multivariada
Estatística
Biotecnologia
Biologia molecular
Câncer de mama
Data de apresentação: 5-Dez-2019
Data de publicação: 11-Mar-2022
Referência: MOTTA, Ana Carolina Souto Valente. Aplicação de métodos multivariados em dados multi-omics. 2019. 56 f., il. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Estatística)—Universidade de Brasília, Brasília, 2019.
Resumo: Dados com informações sobre genótipos, transcritos, proteínas e outros componentes moleculares são chamados de informações moleculares. Avanços em biotecnologia têm possibilitado o estudo de tais informações em larga escala. Nesses contextos adiciona-se o sufixo “ômica” (omics em Inglês). Com base no dogma da biologia molecular, entende-se a conexão entre as diferentes informações moleculares em um organismo e a necessidade de considerar mais essas interações. Nesse contexto, tem-se como objetivo principal o estudo da técnica multivariada capaz de lidar com análise supervisionada de dados multi-omics implementada no pacote mixomics. Este trabalho fornece então uma aplicação das técnicas multivariadas: Análise de Componentes Principais, Análise de discriminante por mínimos quadrados parciais e DIABLO. O banco de dados é um conjunto pacientes de câncer de mama e tal aplicação possui o intuito de entender o funcionamento destas técnicas, uma breve comparação entre elas, com diferentes especificações, utilização de diversas ferramentas gráficas e análise dos resultados de predição. Conclui-se que a utilização de técnicas multivariadas mais sofisticadas pode trazer benefícios para a predição em novas observações, melhor interpretação dos resultados biológicos e boas ferramentas visuais para uma melhor compreensão da complexidade de um organismo.
Abstract: Genotypes, transcripts, proteins, and other molecular components data is called molecular information. Advances in biotechnology have enabled the study of such information on a large scale. In these contexts we add the suffix “omics”. Based on the dogma of molecular biology, we understand the connection between the different molecular information in an organism and the need to consider these interactions. In this context, the main objective is to study the multivariate technique capable of dealing with supervised analysis of multi-omics data implemented in the mixomics package. Here we provide an application of multivariate techniques: Principal Component Analysis, Partial Least Squares Discriminant Analysis and DIABLO. The database is a set of breast cancer patients and such application aims to understand the operation of these techniques, a brief comparison between them, with different specifications, use of some graphical tools and analysis of prediction results. It is concluded that the use of more sophisticated multivariate techniques can benefit prediction in new observations, better interpretation of biological results and good visual tools for a better understanding of the complexity of an organism.
Informações adicionais: Trabalho de Conclusão de Curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Estatística, 2019.
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