Estratégias paralelas para alinhamento de sequências biológicas em espaço linear com algoritmo Myers-Miller em CPU

Abstract

Esse trabalho apresenta os resultados de experimentos conduzidos para comparar o efeito de diferentes implementações do algoritmo de Myers e Miller. As comparações são feitas em relação ao tempo para obtenção de alinhamentos ótimos entre pares de sequências. As diferenças nas implementações propostas são referentes a uma implementação sequencial e duas implementações paralelas do algoritmo, usando múltiplos processos ou múltiplas threads. Os resultados obtidos apontam melhorias estatísticamente significativas na performance pelo uso das técnicas de programação paralela.