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Título: Implementação de protótipo de um SMA para anotação manual em projetos de sequenciamento de genomas
Autor(es): Schneider, Hugo Wruck
Pereira, Anderson Gray Frazzon
Orientador(es): Walter, Maria Emilia Machado Telles
Ralha, Célia Ghedini
Assunto: Sistema multiagente
Biologia computacional
Genoma
Data de apresentação: 7-Dez-2006
Data de publicação: 29-Jan-2009
Referência: SCHNEIDER, Hugo Wruck; PEREIRA, Anderson Gray Frazzon. Implementação de protótipo de um SMA para anotação manual em projetos de sequenciamento de genomas. 2006. 97 f. Monografia (Bacharelado em Ciência da Computação)-Universidade de Brasília, Brasília, 2006.
Resumo: Atualmente, existe um grande volume de dados contendo informações biológicas que estão disponíveis na Web. Os biólogos usam tais informações para inferir funções de genes que são descobertos e estudados em projetos de seqüenciamento de genomas. Esta tarefa constitui a fase de anotação destes projetos. Ferramentas computacionais podem auxiliar os biólogos a completarem esta tarefa com uma maior acurácia e em menor tempo. O objetivo do nosso trabalho é disponibilizar aos biólogos sugestões de funções de genes, que podem apoiar a anotação manual em projetos genômicos usando técnicas de Inteligência Artificial. Particularmente, este trabalho propõe um sistema colaborativo usando a abordagem de Sistemas Multiagente, baseado em fonte de dados genômicos integrados, heterogêneos e autonômos disponíveis na Web. O sistema provê a combinação de diferentes agentes com ontologias específicas. Estes agentes devem interagir e fornecer como resultado uma sugestão de anotação que deve ser posteriormente avaliada e validada pelos biólogos. Utilizando este sistema apresentamos um estudo de caso comparando os resultados produzidos pelo nosso Sistema comas anotaçõesmanuais já completadas no Projeto Genoma Paracoccidioides brasiliensis, realizado pela Rede Genoma Centro-Oeste. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT
Nowadays there is a great volume of data containing biological information available on the web. The biologist use this information to infer functions for genes discovered and studied in genome sequencing projects. This task is done on the annotation phase inside there projects. Computational tools can help biologist to complete this task with more accuracy and less time. The objective of this work is to sugest an annotation on a genomic project to the biologist using artificial intelligence techniques. Particularly, this work propose a collaborative system using a multiagent system approach based on integrated, heterogeneous and autonomous genome data source. Our system provides the combination from distinct agents having specific ontologies. These agents must interact and produce as a result an annotation suggestion, that must be later validated by the biologists. Using this system, we present a case study comparing annotations already made for the Paracoccidioides brasiliensis genome project, developed by the Midwest Genome Network.
Informações adicionais: Monografia (graduação)—Universidade de Brasília, Departamento de Ciência da Computação, 2006.
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